«La gratitud me obliga a no callar lo que aquí se dice. Tenga yo por único premio la de mis compatriotas y pueda decir con nuestro célebre paisano: Nec me tacebit Bilbilis.»
La muerte de Vicente de la Fuente motivó, ya en su momento, la redacción de sentidas
necrológicas de alumnos suyos como el escritor Ángel Salcedo o el político Alejandro Pidal; y fue protagonista en el discurso de inauguración del curso 1891-1892 de la Universidad Central de Madrid leído por don Salvador Torres Aguilar-Amat.
Su ciudad natal, Calatayud, en principio, tuvo a bien dedicar a la memoria de tan insigne erudito una calle en la localidad, privilegio que en aquel momento sólo tenía el poeta Marcial. Al organizarse en 1908 la galería de bilbilitanos ilustres en la Casa Consistorial, el historiador pasó a figurar entre los primeros en ser señalados con esta distinción.
Habría que esperar hasta el año 1922 para que su figura fuera honrada con un verdadero homenaje nacional. El gobierno, presidido por José Sánchez Guerra, sufragó todos los gastos que ocasionara la traslación de sus restos desde el cementerio de la Sacramental de San Justo de Madrid, hasta la capilla de la Virgen de Mediavilla de la Colegiata de Santa María la Mayor. Su llegada a la ciudad, el 27 de octubre de aquel año, estuvo acompañada por representaciones del Ayuntamiento, Diputaciones, representantes en Cortes, Clero, Milicia, Universidades de Madrid y Zaragoza y de la Real Academia de la Historia. En el templo colegial se celebró un solemne funeral cantándose la misa del compositor Perosi, y pronunciándose una oración fúnebre. Sus restos descansarían ahora bajo una lápida redactada en latín por los alumnos del colegio jesuita de Veruela. Por la tarde, en el teatro Principal, se celebró una solemne velada en la que se leyeron elocuentes discursos ensalzando su memoria, por parte de personajes ilustres como Darío Pérez, Salvador Minguijón o Eduardo Ibarra.