“…la desgracia de mi negro rectorado…no solamente me quita tiempo y humor, mata mi vida ascética literaria y mi felicidad, sino que me atrae muchos disgustos.”
La ideología católico-conservadora que sustentaba al gobierno de la Restauración, intentó imponerse en las Universidades españolas. Los textos y programas de las disciplinas eran autorizados directamente por el Gobierno, lo que provocó airadas reacciones de una parte del profesorado contrario a cumplir dicha disposición que atentaba directamente contra la libertad de cátedra.
En este ambiente enrarecido Vicente de la Fuente fue elegido rector de la Universidad de Madrid y aunque, en principio, se negó al nombramiento, fue el propio Presidente del Gobierno, Cánovas del Castillo, el que le convenció de aceptar esa responsabilidad.
Don Vicente comenzó a desempeñar el rectorado en abril de 1875 y a partir de entonces intentó solucionar los graves problemas que aquejaban a la institución como la falsificación de títulos, sin dejar de lado, por supuesto, la aplicación de los mandatos gubernamentales.
Desde su responsabilidad, aunque no pudo evitar las sanciones a los profesores rebeldes, alargó los trámites e intentó que fueran temporales. Sin embargo esto no impidió una fractura en la Universidad y algunos intelectuales como Montero Ríos, Giner de los Ríos o Moret, fundaron la Institución libre de enseñanza, paradigma de la renovación educativa y cultural española de finales del siglo XIX.
La ecuanimidad de Vicente de la Fuente le llevó a pedir al gobierno la rehabilitación de los
catedráticos sancionados y, al no obtenerla, presentó su dimisión en el verano de 1877.