“ Ya no soy hijo de Cisneros, sino Salmanticense…el día 7 de junio …tomé allí posesión allí, quieta y pacíficamente (como hacemos los gordos de buena ley) de la cátedra de 4º de Jurisprudenciade aquella Universidad…¡de Salamanca!.”
Vicente de la Fuente intentó, con grandes dificultades, abrirse camino dentro de la Universidad. En esa época alcanzó los grados de regente tanto en Teología como en Jurisprudencia; más tarde el de sustituto de Cátedra. Sin embargo, varias “cacicadas” académicas le impidieron entonces, obtener el anhelado puesto fijo.
Por fin, en 1852, fue nombrado catedrático de cuarto de Jurisprudencia en la Universidad de Salamanca donde, alejado de la convulsa situación política que se dejaba sentir en Madrid, llevó a cabo diversos trabajos como el catálogo de la biblioteca universitaria, el inventario de algunos monumentos salmantinos, o comisiones para la Real Academia de la Historia. Destaca especialmente la Relación de las excavaciones practicadas en el claustro del convento de San Agustín de Salamanca con objeto de descubrir y exhumar los restos de Fray Luis de León.
En 1857 Claudio Moyano, ministro de Fomento, promulgó las bases de la instrucción pública que fueron las creadoras de la moderna universidad española. Vicente de la Fuente, en aquel momento, fue trasladado de nuevo a Madrid. En la facultad de Derecho impartió la asignatura de Historia y Disciplina de la Iglesia, la cual enseñó hasta su muerte. En estos años se dedicó a editar obras de Santa Teresa, Feijoo, Gracián, Rivadeneira e, incluso, un poema latino del siglo XII, por el que recibió una felicitación papal.
En 1861 consolidó su carrera ingresando en la Real Academia de la Historia, haciendo su entrada en dicha institución con un discurso sobre las Comunidades de Aragón. En el plano personal Don Vicente, se casó en ese mismo año con la navarra Eusebia Marugán y Jarobe.