«Además del repaso del Derecho Patrio que tengo dos veces a la semana con mis insubordinados discípulos, tengo sustitución de cátedra, y diariamente una lección de geografía e historia a un Condesito…explico retórica y poética…anoto…refundo…reviso…y resisto»
Aunque no abandonó la íntima relación que le unía a la antigua Universidad de Alcalá, en el año 1837, Vicente de la Fuente, continuó sus estudios en Madrid.
En 1841 obtuvo el doctorado en teología. En el año 1844 culminó su formación licenciándose en jurisprudencia, momento en el que entró a formar parte del Colegio de Abogados de Madrid. En ese mismo año fue nombrado profesor académico de ciencias eclesiásticas en los Estudios Nacionales de San Isidro donde cursó hebreo y árabe, consiguiendo excelentes calificaciones en ambas materias. También ingresó en la Academia Matritense de Legislación. Esta institución le reconoció pronto sus méritos, ya que, además de aceptarle entre sus miembros lo nombró su bibliotecario.
Tras terminar su formación, don Vicente, intentó labrar un futuro dentro de la Universidad dejándose llevar por su vocación pedagógica. A pesar de sus méritos tardó tiempo en encontrar un puesto estable dentro de ella.
En aquel momento la institución universitaria se encontraba en pleno cambio debido a las reformas impuestas en los primeros años del reinado de Isabel II. En ese ambiente enrarecido don Vicente, fue nombrado bibliotecario mayor interino de la Universidad madrileña, sin sueldo, debido a las dificultades financieras de dicha organización. Su difícil misión fue la de trasladar la gran biblioteca de la antigua sede de Alcalá de Henares, a la nueva de Madrid. Se dedicó a poner al día el catálogo de libros, muchos de ellos perdidos hasta que, en 1848, por fin se llevó a cabo el traslado definitivo. Sin medios materiales ni personal, distribuyó, clasificó y colocó en tres meses los más de 20.000 volúmenes que la formaban, a la nueva sede de la calle Noviciado. Servida por él mismo, consiguió abrirla al público el 10 de enero de 1849.